Medrese, Alaaddin Cami avlu kuzey girişinin karşısında bulunmaktadır. 1262 yılında şehrin ikinci defa alınışı anısına Selçuklu Veziri Muinüddin Süleyman Pervane tarafından yaptırılmıştır.
Kuzey-güney konumlu yapı dikdörtgen planlıdır. İki eyvanlı, açık avlulu medrese tipinin güzel bir örneğidir. Girişi tamamen mermerden yapılmış, süslü anıtsal bir kapı şeklindedir. Giriş eyvanının her iki cephesinde birer oda vardır. Avlunun ortasında sekizgen bir şadırvan bulunmaktadır. Avlunun doğu ve batı cephesinde kuzey-güney konumlu uzanan ve üçer sütuna oturan kemerli revaklar yer almakta, revakların gerisinde beşerden on adet küçük oda bulunmaktadır. Her hücrenin içerisinde birer ocak ve sokağa bakan büyük penceresi mevcuttur. Giriş eyvanının tam karşısında bulunan ana eyvanın önü kapatılmış ve oda haline getirilmiştir.
Üzerinde bulunan kitabeden bu değişikliğin 1889 yılında, Mutasarrıf Faik Bey zamanında yapıldığı anlaşılmaktadır. Ana eyvanın solunda muhtemelen kışlık dershane olarak kullanılmış bir oda bulunmakta, sağındaki avluda ise Pervaneoğulları’nın son hükümdarı Gazi Çelebi ve kızının kabirleri yer almaktadır. Yapı, orijinalinde düz toprak damlıdır. Sonradan dışarıya doğru meyilli ve alaturka kiremitle kaplı ve kirpi saçakla biten çatı yapılmıştır.
1932 ile 1970 yılları arasında Müze olarak görev yapan ve günümüzde Vakıflar Genel Müdürlüğü’nün malı olan Medrese; 2002 yılında Kültür ve Turizm amaçlı kullanılmak üzere Sinop Valiliği’ne tahsis edilmiştir. Sinop Valiliği’nce Sinop’a özgü el sanatları ve mutfağı ile ilgili kişilere tahsis edilerek çarşı haline getirilmiştir.
